Por los restos arqueológicos encontrados, se sabe que en el paraje conocido como "La Ciudad" estuvieron asentados los vacceos y posteriormente los romanos, pudiendo ser, según algunos autores, la ciudad vaccea de Intercatia.
En el año 947, en el testamento del conde de Monzón, se alude por primera vez a la localidad de Paredes, aunque ya antes, en el 906, un documento menciona la iglesia de Santa María, predecesora de la actual ermita de Carejas.
Tras la repoblación, Alfonso VII la otorga varios fueros en los años 1128, 1129, 1130 y 1134 para estimular la llegada de nuevos colonizadores. En 1174 es señor de la villa Fernando Nuñez de Lara, que con la subida al trono de Fernando III se ve obligado a reintegrarla a la Corona para congraciarse con el favor real. Pasa posteriormente a poder de la familia Castro, a la Orden de Calatrava y a la casa de Vizcaya.
En 1289, durante la minoría de edad de Fernando IV, el infante don Juan intentando hacer valer los derechos sucesorios de su mujer, María Díaz, hija del fallecido señor de Vizcaya, se rebela contra María de Molina, apoderándose de Paredes de Nava, lo que obliga a la regente a cercar la villa. Tras llegar a un acuerdo sobre el señorío de Vizcaya, se otorga la localidad a María Díaz, pasando por herencia a su hijo y tras la muerte de este en 1326 se incorpora a la Corona.
Enrique II concede el señorío a su cuñado Felipe de Castro que muere en 1371 a manos de los vecinos tras una sublevación, lo que motiva un severo castigo por parte del rey y del noble Pedro Fernández de Velasco.
Pedro Manrique recibe la localidad en 1429, pasando en 1440 a su hijo Rodrigo, padre del famoso poeta Jorge Manrique y primer conde de Paredes de Nava por merced del rey Juan II en 1442. A mediados del siglo XV nace el pintor Pedro Berruguete y en 1490 su hijo Alonso, pintor y escultor.
La peste que asola Valladolid en 1527 hace que el Emperador Carlos V se traslade a Palencia, repartiéndose el séquito real por los pueblos de los alrededores, correspondiendo a Paredes acoger a los embajadores extranjeros.
Rodeaba a la localidad una cerca de la que hoy no quedan restos, aunque su perímetro es reconocible al estar marcado por la actual circunvalación. Estaba construida de tapial, con refuerzos de piedra en los puntos más importantes y, al menos, una veintena de torres.
Internamente, la villa se organizaba en ocho barrios: Mediano, de la Fuente, Renedo, San Miguel, Calleluenga, San Juan, Ardegón y Gallegos. Calleluenga estaba formado por una sola calle que recorría la muralla por el interior. También existió una importante comunidad judía, que al igual que los barrios, tenía asignada para su mantenimiento y reparación una parte de la misma, incluso se recaudaba una Renta de los Testamentos, que abonaban los vecinos al hacer testamento, que se empleaba en su conservación de la cerca.
Contaba con seis puertas de acceso construidas con arcos de piedra de sillar conocidas con los nombres de Puerta de San Juan o de la Villa, Antenoria (o Fuentinoria), Ardagón o Salida de Carretas, de Gallegos, de la Fuente o Arco de San Martín y la de Renedo. Salvo la de Antenoria, que daba salida a la antigua ciudad vaccea, las demás comunicaban con los caminos que conducían a Palencia, Villoldo, Villalumbroso, Frechilla y el despoblado de Sahagún el Real, respectivamente.
La Puerta de Antenoria fue la última en desaparecer y en ella estaban grabadas las armas reales. También se conoce la existencia de un portillo, situado entre la puerta de Gallegos y la de la Fuente, derribado en 1939.
Es probable que ya existiese la cerca en 1234 cuando Alvar Pérez de Castro se refugia en la villa y la fortifica debido a su enfrentamiento con Fernando III, que manda demoler las defensas tras el abandono de la localidad por parte del noble. En 1286 ya estaba reconstruida y diez años más tarde permite resistir el cerco a que fue sometida por parte de la regente María de Molina.
Según José Luis Sáinz Guerra, pudo existir una primitiva cerca alrededor de la iglesia de Santa Eulalia. La llegada de nuevos pobladores favorecidos por los fueros otorgados a la villa hace que se incremente considerablemente la población, en parte procedente de pequeñas aldeas cercanas que se despueblan, obligando a construir una nueva muralla.
Al Noreste del barrio de Gallegos se situaba el alcázar, pequeña edificación defensiva y residencia del señor del que no quedan vestigios. Se sabe que se encontraba en contacto con la muralla, probablemente en la parte donde pierde su forma redondeada.
En la Plaza de San Martín se encontraba el palacio de los condes. La falta de uso y el alejamiento de sus propietarios provocó su destrucción. En el siglo XVIII se le describía como "una casa Palacio con su muralla de canto labrado, sus muros de piedra a todos cuatro aires, hállase la muralla y muros muy maltratada y dentro de ellas ninguna habitación por estar arruinado el palacio y no parecer en el más que algunas paredes de tierra arruinadas".
La Iglesia de Santa Eulalia destaca por su original torre en la que se suceden los estilos románico, gótico y mudéjar. En su interior alberga el museo parroquial. La iglesia de Santa María se levanta junto al espacio que ocupó hasta 1412 la aljama de la importante comunidad judía que residió en la localidad. De estilo ojival, fue muy reformada en el siglo XVII. Cerrados al culto se encuentran los templos de San Juan Bautista y San Martín, de los siglos XV y XVI, respectivamente. Las ermitas de La Vera Cruz y de Nuestra Señora del Carmen del Cerezo se encuentran en el casco urbano, mientras que no muy lejos se encuentra la dedicada a la patrona de la localidad, la Virgen de Carejas.